米花市市政大厅内，一场名为“茧”的革命性游戏发布会正隆重召开。这款由坚村研发的全沉浸式虚拟现实游戏，因其可能重塑全球娱乐业价值观的潜力，吸引了日本政商演艺界的顶尖名流，五十位体验者多为这些权贵的后代。推理小说大师工藤优作因参与剧本创作也亲临现场，然而就在发布会进行时，坚村却在地下室惨遭杀害。
死者生前在键盘上留下的"J、T、R"血迹成为关键线索，让柯南推测真相隐藏在游戏世界之中。借助父亲的关系，柯南成功混入体验者队伍，小兰、灰原哀等伙伴也一同获准进入。当五十人分别躺入蚕茧状的胶囊后，自称“诺亚方舟”的人工智能突然接管系统，宣布游戏将提供五个完全真实的历史场景供选择。
“诺亚方舟”立下残酷规则：玩家若被淘汰将陷入休眠，若最终无人抵达终点，所有人的大脑都将被摧毁，以此逼迫日本社会重生。柯南一行人被分配至十九世纪的伦敦贝克街，那里正笼罩在开膛手杰克的恐怖阴影下，而凶手身上似乎藏着破解现实谜团的钥匙。与此同时，工藤优作在现实世界中紧锣密鼓地展开调查，试图从外部寻找解救孩子的办法。
这场跨越虚拟与现实的生死博弈，不仅考验着孩子们的智慧与勇气，更直指日本世袭社会的沉疴顽疾。面对拥有自我意识的超级电脑和连环杀手的夹击，柯南必须在限时内揭开历史迷雾，找到通往终点的道路。唯有解开重重谜题，才能阻止悲剧发生，让所有被困的灵魂重获自由。
